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注册一般纳税人和小规模纳税人的主要区别体现在计税方式、税率和发票使用等方面。以下是具体的差异点。
1、计税方式：一般纳税人采用一般计税方法，即根据纳税金额与税率计算税额，可以抵扣进项税额，而小规模纳税人则采用简易计税方法，即直接按照销售额与征收率计算税额，不能抵扣进项税额，小规模纳税人专票开具的增值税也可以进行抵扣。
2、税率：一般纳税人根据提供的服务不同，税率有所不同，例如提供有形动产租赁服务的税率为16%，交通运输服务为9%，而小规模纳税人则统一采用3%的税率，对于销售货物这种服务而言，小规模纳税人和一般纳税人提供的税率都是相同的，但小规模纳税人可以享受每月不超过十万的免征增值税政策，连续不超过12个月经营收入超过500万的企业必须申请成为一般纳税人。
3、发票使用：小规模纳税人销售时只能使用普通发票，而一般纳税人销售时可以使用增值税专用发票并可以申请抵扣相应的税款，小规模纳税人无法自行开具增值税专用发票，需要开具时需向税务局申请代开，一般纳税人可自行开具增值税专用发票给客户，一般纳税人还可以自行申请印制普通发票并使用。
注册一般纳税人和小规模纳税人的区别主要体现在计税方式、税率和发票使用方面，企业或个人在选择注册类型时需要根据自身的业务特点和发展规划进行综合考虑。